Die Schweinebesamungsstation Weser-Ems e.V. wurde am 25. April 1969 auf Initiative der damaligen vier Schweinezuchtverbände Ammerland, Oldenburg, Osnabrück-Emsland und Ostfriesland gegründet. Erklärtes Ziel war es, alle Landwirte kostengünstig am züchterischen Fortschritt teilhaben zu lassen.

Die künstliche Schweinebesamung entwickelte sich anfänglich nur zögerlich. Einhergehend mit der Überwindung der Skepsis bei den Sauenhaltern kam es jedoch zu einer stetig fortschreitenden Verbreitung. Aufgrund der positiven Entwicklung in der zweiten Hälfte der 70er Jahre konnte man die Stallkapazität auf 40 Eberplätze erhöhen und damit nahezu verdoppeln. Gleichzeitig wurden Labor und Büroräume geschaffen. Die überwiegend durch angestellte Techniker durchgeführten Besamungen beliefen sich 1979 auf rund 27.000 Erstbesamungen. Es folgte eine rasante Weiterentwicklung. Fünf Jahre später waren es über 70.000 Erstbesamungen. Einher mit der Entwicklung gingen mehrere Um- und Erweiterungsbauten.

Mitte der 80er Jahre reichte das vorhandene Betriebsgelände nicht mehr aus. Deshalb erwarb man ein nahe gelegenes Grundstück. Hier entstand 1987 eine neue Besamungsstation, die neben 96 Eberplätzen auch die erforderlichen Labor und Büroräume umfaßt. Das Konzept dieser Station fand in der Fachwelt große Anerkennung. Viele Anregungen hieraus wurden nicht nur innerhalb Deutschlands, sondern auch im europäischen Ausland von mehreren Besamungsstationen übernommen. Zu diesem Zeitpunkt war die Zahl der durchgeführten Erstbesamungen bereits auf knapp 86.000 pro Jahr angestiegen. Aber auch dieser Neubau konnte den weiter steigenden Bedarf nicht lange decken. Bereits im Spätherbst 1992 wurde mit der Erstellung eines weiteren Gebäudes begonnen. Dieser nach neuesten Erkenntnissen gebaute Eberstall erfüllte damals mit einer Buchtengröße von sechs Quadratmetern den Anforderungen der neuen Tierhaltungsverordnung.

1993 wurden von der Besamungsstation insgesamt 394.503 Besamungsportionen abgegeben. Bereits Ende 94 zeichnete sich ab, dass mit den in Bethen vorhandenen 300 Eberplätzen ein weiteres Wachstum nicht möglich war. Deshalb entschieden sich Vorstand und Geschäftsführung zum Bau einer Niederlassung in Dohren/Emsland. Hier erwarb der Verein ein 2,6 ha großes Grundstück, das auch für künftige Erweiterungsbauten noch genügend Platz bietet. In die Konzeption der neuen Station in Dohren, für 116 Besamungseber, ließen die Verantwortlichen aus Bethen ihre langjährige Erfahrung und das Know-how einer großen Besamungsstation einfließen.

1996 wurde in der Niederlassung Dohren der erste Stall mit dem Labor- und Verwaltungsgebäude für 116 Tiere errichtet. 1998 wurde der zweite Stall konzipiert. Der 3. Stall in Dohren wurde Anfang 2001 fertiggestellt. Der zurzeit letzte Neubau erfolgte dann im Jahre 2006, aus logistischen Gründen, wieder in Bethen. In diesem Stall werden 100 Eber erstmals nicht mehr auf Stroheinstreu, sondern auf Sägemehl gehalten.

Am 1. Juli 2009 schlossen sich die Ferkelerzeuger und Viehzentrale Beesten und Schweinebesamung Weser-Ems e.V. zusammen. Somit wuchs die Besamungsstation um weitere 98 Eberplätze. Zum 1. Januar 2016 übernahm die SWE von der dänischen Besamungsorganisation Hatting A/S die 2008 neu gebaute Station in Bollingen (ehemals KB Nort GmbH) mit nochmals 483 Eberplätzen.

Im September 2016 wurde die ZBS Warendorf von Herrn Dr. Edgar Nellenschulte übernommen. Dr.Nellenschulte ist seit dieser Zeit für die SWE im Vertrieb tätig und betreut weiterhin seine Kunden im westfälischen Raum. Heute verfügt die Schweinebesamungsstation Weser-Ems e.V. über 1137 Eberplätze auf 3 Standorten.